XXVIII век. Человечество вышло в космос и установило контакт с сотнями инопланетных рас. Валериан и Лорелин — космические спецагенты, которым было поручено решить проблему аномальной зоны, чьи границы быстро разрастаются в международной космической станции, построенной людьми 400 лет назад. Однако герои быстро подозревают, что их начальство многое от них скрывает, в частности тайну происхождения таинственной инопланетной расы перлов, данных о которых нет ни на одной базе и которые и стали главной причиной аномальной зоны на станции.
Перлы же являются мирной и первобытной расой, которая по вине человечества почти вымерла, а её оставшиеся представители дрейфовали по космосу. Всё, что им надо, это несколько артефактов с их родной планеты, которые помогут им воссоздать условия жизни до разрушения родного мира, однако они находятся в собственности людей. Валериан и Лорелин по мере развития сюжета раскрывают для себя правду и принимают решение помочь перлам, даже если это обозначает раскрытие акта геноцида и дипломатический скандал против человечества.
